2015年，十四岁少年 碇真嗣来到 东京成为与使徒作战的EVA 初号机驾驶员。驾驶零号机的是沉默寡言的少女零波丽。生性内向的真嗣渐渐习惯了用EVA战斗，同时，他在新的学校里交到了朋友。 天才少女明日香从德国来到日本，她是 二号机驾驶员。使徒接踵来袭，战斗变得越来越严酷…… 。