杰森·伯恩，这个对自己的过去一无所知的男人原本已经放弃了再追寻丢失的记忆的念头。因为他虽然没有国籍、虽然没有身份，但却找到了自己的挚爱玛丽。他原本打算与玛丽甜蜜的过完下半生，生儿育女，不再理往事。然而，伯恩虽有淡出之心，但拥有一身本领的他却相当惹眼，那些将他抛到地中海的黑暗组织早派人来追杀这个失忆的成员，而与伯恩一起逃亡的玛丽死在枪下。失去惟一依靠的伯恩发誓要找回自己的记忆，了解自己的身份，进而为玛丽报仇。失去妻子的伯恩游荡在欧洲各地寻找线索，已经成为暗杀目标的伯恩靠着自己一身本领制服了前来暗杀他的几个人之后，从他们身上找到了一丝线索，他渐渐知道自己所遭遇的一切与一个叫“踏石”的秘密特工养成计划有关，而他也是这个组织培养出来的特工。目前，“踏石”组织已经被美国国防部的一个新计划“黑烟斗”所取代，而“黑烟斗”的其中一个任务就是铲除已经不受控制的伯恩，“黑烟斗”潜伏在世界各地的杀手们都成了伯恩的敌人。然而，已经失去妻子的伯恩再无牵挂，他选择主动出击，要将有份参与养成黑特工杰森·伯恩计划的一干人等统统灭掉，为自己报仇同样也为妻子报仇。伯恩四处奔走追击，先后到莫斯科、马德里、巴黎、摩洛哥的首都丹吉尔还有伦敦等地调查，期间与“黑烟斗”特工展开连串厮杀，同时又要对付国际警察和当地执法者。敌人越来越多，而伯恩的调查也越来越深入，疑问也逐渐得到解答，而最后，他到了纽约，在这里，他将能找到一切的答案，同时也能了解一切的事端。