达尔富尔发生冲突的原因，可谓相当复杂。围绕尼罗河的国家及如达尔富尔等的周边地区，充斥着不平等，在20世纪的最后20年逐渐恶化。双方之间的磨擦受到综合环境灾害、政治投机及地缘政治的影响，在20世纪后期不断加剧。此外，有许多人误解此冲突为阿拉伯人及非洲人之间的种族问题；而历史学家则认为这种误解并不是完全正确，但也不是完全错误[13]。也有媒体认为西方国家暗中助长了这些紧张情势，以阻挠中国与苏丹在此地区的石油合作。[14] 在14世纪末或是15世纪初，富尔人建立于马拉山脉（Marrah Mountains）的凯拉王朝（Keira dynasty）建立了苏丹制度（以“苏丹”作为国王称号），并将伊斯兰教定为国教。后来一支向尼罗河流域南方扩张的土埃联军（属于奥斯曼帝国）征服了这个国家。接着土埃势力又被自称马赫迪（Mahdi；伊斯兰教末世学中的救世主）的穆罕默德·艾哈迈德·马赫迪（Muhammad Ahmad）击败；而他所建立的国家则亡于吉青纳（Herbert Kitchener）所率领的英国军队。吉青纳建立了英埃共管来支配苏丹地区，并在法律上允许达尔富尔地区的自治，直到1916年侵略并并吞苏丹为止[15]。在英埃共管下的苏丹，大多数的资源都送往喀土穆与青尼罗省，使得其他地区较无发展。 达尔富尔地区的一所国内流亡者营地。 尼罗河谷的居民得到了较多来自英国的投资，在1956年苏丹独立之后仍维持续经济模式以及对政治的排斥。在1968年的选举中，乌玛党（Umma Party）中的分离主义候选人，以萨迪克·马赫迪（Sadiq al-Mahdi）为首，试图使达尔富尔的选民分裂。他将达尔富尔地区的发展不良归咎于阿拉伯人，以迎合定居生活的族群；并且呼吁半游牧的巴加拉人支持尼罗河地区的阿拉伯人。 这种并非由当地所自行发展出来的阿拉伯人-非洲人二分法，又受到利比亚总统格达费的加强，他希望萨赫勒（Sahel；撒哈拉沙漠边缘）地区能够建立起一个阿拉伯地带，并且宣扬阿拉伯优越论。[16] 由于苏丹、利比亚与乍得从1960年代到1980年代的一系列互动，包括利比亚对伊斯兰军团的支援，使得苏丹总统尼迈里（Gaafar Nimeiry）将达尔富尔建立成哈布雷（Hissène Habré；前乍得总统）率领之军队的后方基地，这支军队意欲推翻乍得政府，而且反对格达费。[17] 在1983年至1984年，降雨量不足使这个地区陷入饥荒[18]，估计310万人中有9万5千人饿死。1985年4月5日，自1969年在位的尼迈里被推翻。萨迪克·马赫迪也因此流亡，他后来与格达费达成一项协议：假如格达费在接下来的选举中支援其经费，并使其胜选，那么萨迪克·马赫迪将会把达尔富尔地区送给利比亚，然而最后这个诺言并没有实现。[19] 2001年7月21日，一个札加瓦人团体与富尔人在Abu Gamra协议，并在古兰经前立誓，共同抵抗苏丹政府支援的针对他们村庄的攻击[20]。 2003年初，公义平等运动(Justice and Equality Movement；JEM)及苏丹解放运动(Sudan Liberation Movement；SLM)[21] 指控政府压迫非阿拉伯人。其中势力较大的SLM，主要是由富尔人、马撒利特人以及札加瓦人中的Wagi族所组成。而JEM的成员则是札加瓦人中的Kobe族。到了2003年末，人道对话中心（Center for Humanitarian Dialogue）邀请两个团体的领袖、苏丹政府，以及国际外交共同体的代表到日内瓦了解人道危机的状况。JEM在2004年加入了东部阵线（Eastern Front），这是一个由东部部落的革命团体所组成的联盟，成员分别是Rashaida部落的Free Lions与Beja Congress。同时JEM也被指控已由图拉比（Hassan al-Turabi；苏丹的宗教及政治领袖）所 control